Klimax: X-Men konfronterer sammen med deres allierede Sebastian Shaw og hans hold af mutante skurke i et sidste opgør ombord på en atomubåd. Erik Lehnsherr (Magneto) søger i første omgang hævn for de grusomheder begået mod mutanter, idet han truer med at bruge ubådens atommissiler til at ødelægge verden.
Vendepunktet: Charles Xavier (professor X) griber ind og appellerer til Eriks menneskelighed og minder ham om, at deres sande mål er at beskytte mutanter, ikke ødelægge menneskeheden. Dette øjeblik af forbindelse mellem de to venner vender slagets gang.
Sejren: X-Men, med hjælp fra Moira MacTaggert, formår at afvæbne missilerne og besejre Shaw og hans hold.
Den bittersøde slutning: Mens de har sikret sig en midlertidig sejr, slutter filmen på en melankolsk tone:
* Eriks forræderi: Erik, på trods af at være påvirket af Charles' ord, føler sig stadig dybt såret af forfølgelsen af mutanter og går væk for at begynde sin egen vej, hvilket tyder på en potentiel fremtidig konflikt med Charles og X-Men.
* Charles' skyld: Charles er sønderknust af Eriks afgang og bærer byrden af sin egen skyld over tragedien med Cubakrisen, som han ubevidst var med til at afværge, men på bekostning af tusindvis af liv.
* En ny æra begynder: Filmen slutter med dannelsen af X-Men som et hold dedikeret til at beskytte både mennesker og mutanter, men med en følelse af usikkerhed omkring fremtiden og den potentielle trussel, som Erik Lehnsherrs voksende harme udgør.
Afslutningen efterlader et dvælende spørgsmål: Vil Erik og Charles forblive på modsatte sider, eller vil de finde en måde at bygge bro over deres forskelle? Dette spørgsmål sætter scenen for fremtiden for X-Men-franchisen.