Men efterhånden som historien skrider frem, opstår der spændinger, når en udvalgt gruppe grise begynder at manipulere og udnytte deres meddyr. Konflikten forstærkes, da grisene, ledet af den snedige og autoritære orne Napoleon, begynder at ændre de syv bud – gårdens vejledende principper – for at tjene deres egne interesser.
Napoleon og hans medsvin påtager sig gradvist lederroller og etablerer et hierarkisk system, der sætter dem over de andre dyr. Dette fører til en dyb kløft i dyresamfundet, da Napoleon og hans håndlangere nyder godt af privilegier og luksus, mens resten af dyrene slider for gårdens vedligeholdelse.
Konflikten drejer sig om grisenes jagt på magt og de andre dyrs kamp for at fastholde idealerne fra deres oprindelige oprør. I sidste ende bliver Animal Farms udforskning af udfordringerne med at fremme ægte lighed en kritik af totalitære samfund og korruptionen af tilsyneladende ædle ideologier.