Matilda står også over for problemet med at håndtere den tyranniske forstanderinde på sin skole, Miss Trunchbull, hvis barske og undertrykkende metoder skaber et fjendtligt miljø for eleverne. Matilda bliver fast besluttet på at stå op imod hende ved at bruge hendes ekstraordinære mentale kræfter, inklusive telekinese, til at afsløre Miss Trunchbulls grusomhed og inkompetence og skabe positive forandringer i skolen.
Et andet problem, hun står over for, er at få retfærdighed for Miss Honey, en godhjertet lærer, der er blevet dårligt behandlet af Miss Trunchbull. Matildas indsats for at hjælpe Miss Honey førte til sidst til fjernelse af Miss Trunchbull og et lykkeligere miljø for eleverne på skolen.