Ud over kurser skal ph.d.-kandidater færdiggøre en afhandling, som er et stort stykke original forskning. Afhandlingen skal godkendes af den studerendes disputatsudvalg, og den skal forsvares ved en offentlig mundtlig prøve.
Den gennemsnitlige tid til at gennemføre en ph.d. i musik i USA er cirka fem år. Nogle elever kan dog tage længere tid, og nogle kan blive færdige på så lidt som tre år. Hvor lang tid det tager at gennemføre en ph.d. i musik afhænger af en række faktorer, herunder den studerendes forskningsinteresser, den studerendes fremskridt og institutionen.