* Farerne ved hybris: Elric-brødrenes forsøg på at bruge alkymi til at genoplive deres mor fører til deres egen lemlæstelse, hvilket fremhæver de potentielle farer ved ukontrolleret ambition og forfølger viden uden at forstå dens fulde implikationer.
* Søgen efter sandhed: Serien udforsker sandhedens natur, og hvordan den kan forvrænges eller manipuleres, især inden for rammerne af militæret og State Alchemist-programmet.
* Vigtigheden af menneskelig forbindelse og empati: Serien understreger værdien af menneskelige relationer, og hvordan de kan hjælpe individer med at navigere i kompleksiteten af deres egne oplevelser. Dette er tydeligt i de stærke bånd mellem Elric-brødrene, såvel som de forskellige relationer, de knytter gennem deres rejse.
* De etiske implikationer af videnskabelige fremskridt: Fullmetal Alchemist kæmper med de etiske dilemmaer fra kraftfulde teknologier som alkymi og potentialet for misbrug. Det tilskynder publikum til at overveje det ansvar, der følger med viden og dens anvendelser.
I sidste ende antyder serien, at selvom jagten på viden er værdifuld, skal den balanceres med visdom, empati og en dyb forståelse af dens potentielle indflydelse på verden og dem omkring os.