Josquins musik omfatter de fleste af de genrer, der var aktuelle i slutningen af det 15. og det tidlige 16. århundrede. I dag er han bedst kendt for sine messer og motetter, hvoraf mange betragtes som mesterværker af renæssancens polyfoni, men i løbet af sin levetid var han nok lige så værdsat som en komponist af chansons; omkring halvfjerds indstillinger overlever, mere end nogen anden komponist på hans tid. Josquins musik var berømt i hele det uddannede Europa, og han blev en af de første kendte komponister siden antikken.