Dette album anses af mange for at være Flaming Lips' magnum opus. Det er et konceptalbum, der fortæller historien om en robot ved navn Yoshimi, der kæmper mod en ond alien race. Albummet er fyldt med eksperimenterende lyde og psykedeliske effekter, og det indeholder nogle af bandets mest ikoniske sange, såsom "Do You Realize??" og "Yoshimi Battles the Pink Robots, Pt. 1".
* The Soft Bulletin (1999)
Dette album er endnu en Flaming Lips-klassiker. Det er et mere eksperimenterende og psykedelisk album end Yoshimi Battles the Pink Robots, og det byder på nogle af bandets smukkeste og mest hjemsøgende sange, såsom "Race for the Prize" og "Waitin' for a Superman".
* Embryonal (2009)
Dette album er en tilbagevenden til Flaming Lips' mere eksperimenterende rødder. Det er et støjende, kaotisk og psykedelisk album, der er fuld af overraskelser. Det er ikke for alle, men det er et must-lytte for fans af eksperimenterende musik.
* I krig med mystikerne (2006)
Dette album er et mere politisk og socialt bevidst album end Flaming Lips' tidligere udgivelser. Den byder på sange om krig, fattigdom og miljøødelæggelse. Det er et kraftfuldt og bevægende album, der helt sikkert vil efterlade et varigt indtryk.
* American Head (2006)
Dette album er et mere ligetil rockalbum end Flaming Lips' tidligere udgivelser. Den byder på nogle af bandets mest fængende og hymnagtige sange, såsom "The W.A.N.D." og "Hvem elsker du?".