Her er nogle af de vigtigste forskelle mellem Naruto og Yu-gi-oh:
* Genre: Naruto er en shonen action-anime, mens Yu-gi-oh er en shonen kortspil-anime.
* Indstilling: Naruto foregår i en verden af ninjalandsbyer, mens Yu-gi-oh foregår i en verden, hvor folk kan bruge kort til at duellere hinanden.
* Tegn: Naruto følger Naruto Uzumakis eventyr, en ung ninja, der drømmer om at blive Hokage, lederen af sin landsby. Yu-gi-oh følger Yugi Mutous eventyr, en ung dreng, der besidder Millennium Puslespillet, en kraftfuld artefakt, der giver ham mulighed for at duellere mod andre duellanter.
* Gamespil: Naruto byder på hurtige ninjakampe, hvor karakterer bruger deres chakra til at udføre forskellige jutsu (teknikker). Yu-gi-oh byder på strategisk kortspil, hvor spillere bruger deres kort til at tilkalde monstre, kaste trylleformularer og sætte fælder.
I sidste ende er den bedste måde at beslutte, hvilken anime-serie der er bedre for dig, ved at se et par afsnit af hver og se, hvilken du nyder mest.