Spillets historie kredser om "Eggman Empire," en gruppe robotter og monstre styret af Dr. Eggman. Dette imperium består af forskellige "Eggman håndlangere", hver med unikke evner og udseende.
Mens nogle af disse håndlangere, som "Æggebonden" og "Æggehornet," er velkendte, andre er mere mystiske. Dem, der oftest omtales som "mystiske monstre", omfatter:
* "Æg Cerberus": En trehovedet hundelignende robot med en kraftig boremaskine.
* "Æggegolem": En massiv, langsomt bevægende robot med en stor hammer.
* "Æggekonge": En kæmpe, tronelignende robot med kraftige lasere.
Dette er blot nogle få eksempler, og mange andre unikke og unavngivne robotter og monstre dukker op gennem hele spillet, hvilket tilføjer mysteriet og intrigerne.
Så selvom der ikke er et eneste "mystisk monster", bidrager den kollektive tilstedeværelse af disse unikke og spændende karakterer til den fængslende og mystiske atmosfære i Sonic Heroes.