Mens spionerne kæmper for at overliste hinanden, støder de på komiske forhindringer, der gør deres spycraft til et sideshow af slapstick-komedie. Black Spy bliver viklet ind i en kæmpe yo-yo, mens White Spy bliver forfulgt af en sværm af gummihøns. Øens flora og fauna slutter sig til vanviddet, med talende papegøjer, der håner spionernes hver eneste bevægelse, og drilske aber, der stjæler deres hemmelige planer.
Midt i det eskalerende kaos falder de to spioner over et skjult underjordisk laboratorium, hvor de opdager hjernen bag deres endeløse rivalisering:en drilsk MAD-videnskabsmand ved navn Professor Wacko. Det viser sig, at Wacko har orkestreret Spy vs Spy-missionerne for sin egen morskab, ved at bruge fjernstyrede forklædninger og trick-gadgets til at holde spionerne på jagt efter skygger.
I en klimatisk scene, der trodser logik og fornuft, slår Black Spy og White Spy sig sammen mod professor Wacko og engagerer sig i en vanvittig kamp, der involverer vanillecreme, eksploderende cigarer og en kæmpe elastik. I sidste ende bliver spionerne og videnskabsmanden viklet ind i en indviklet drejning af begivenheder, der efterlader dem alle svimle og grundigt besejrede.
Da gardinet falder for Spy vs Spy-eventyret, befinder agenterne sig tilbage i deres respektive hovedkvarterer og spekulerer på, om deres seneste eskapade bare var en vild hallucination. Med deres signaturgrin trækker de det af sig og gør sig klar til deres næste mission, velvidende at Spy vs Spy-verdenen altid vil være fyldt med skøre overraskelser og uforudsigelige drejninger.