Bethge blev født i Barmen, Tyskland, i 1909. Han studerede teologi ved universiteterne i Bonn og Berlin. Efter endt uddannelse tjente han som assisterende præst ved en kirke i Berlin. I 1935 blev han udnævnt til sekretær for Dietrich Bonhoeffer, der dengang var præst ved Friedenskirche i Berlin-Dahlem.
Bethge arbejdede sammen med Bonhoeffer indtil 1944, hvor Bonhoeffer blev arresteret af Gestapo. Bethge blev også anholdt, men han blev senere løsladt. Efter krigen arbejdede Bethge som teolog og forfatter. Han var forfatter til flere bøger om Bonhoeffer og hans teologi.
I 1972 modtog Bethge sammen med to af Bonhoeffers andre tidligere sekretærer af Nobels Fredspris. Prisen blev givet for formidlingen af Bonhoeffers samlede værker.
Bethge døde i Berlin i 2000. Han blev 91 år gammel.