1. Oversimplificering af komplekse historiske problemstillinger :Nogle historikere hævder, at dokumentaren præsenterede visse komplekse historiske begivenheder på en forenklet eller endda romantiseret måde uden at udforske deres nuancer og kompleksitet fuldt ud. For eksempel blev skildringen af krigen som en ligefrem moralsk konflikt mellem det heroiske nord og det skurkelige syd udfordret af nogle som forsømmer faktorer som statsrettigheder og økonomiske interesser, der påvirkede begge sider.
2. Mangel på forskellige perspektiver :Kritikere påpegede, at dokumentarfilmen overvejende fokuserede på hvide individers og lederes erfaringer og gav mindre opmærksomhed til afroamerikaneres, kvinders, indianske og andre marginaliserede gruppers erfaringer og bidrag under krigen. Nogle historikere hævdede, at en mere inkluderende fortælling kunne have givet en rigere og mere omfattende forståelse af konflikten.
3. Utilstrækkelig kontekstualisering :Mens dokumentaren gav en detaljeret redegørelse for de militære begivenheder, mente nogle historikere, at den kunne have givet mere kontekst vedrørende de sociale, politiske og økonomiske kræfter, der førte til krigen. De argumenterede for, at seerne kunne have opnået en dybere forståelse af årsagerne til konflikten, hvis disse bredere historiske faktorer blev udforsket i større dybde.
4. Manglende opmærksomhed på klasseinddelinger :Nogle kritikere mente, at dokumentaren ikke i tilstrækkelig grad adresserede klasseskred og uligheder i både de nordlige og sydlige samfund. De argumenterede for, at fremhævelse af disse uligheder kunne have givet en mere nuanceret analyse af den sociale dynamik i krigsperioden.
5. Begrænset diskussion af krigens efterspil :Mens dokumentaren dækkede de store begivenheder i borgerkrigen, gav den relativt mindre opmærksomhed til genopbygningsæraen og dens indvirkning på den efterfølgende udvikling af USA. Nogle historikere hævdede, at en mere grundig udforskning af denne periode kunne have kastet lys over krigens varige arv.
Det er værd at bemærke, at disse kritikpunkter kun udgør et begrænset perspektiv, og mange andre historikere og forskere har rost "Borgerkrigen" for dens bidrag til historisk forståelse, historiefortælling og offentligt engagement. Dokumentaren er stadig en af de mest indflydelsesrige og højt respekterede historiske dokumentarer, der nogensinde er produceret.