I slutningen af Danny Phantom besejrer Danny sin ærkefjende Vlad Plasmius og redder verden fra hans onde planer. Det lykkes også ham at befri sine forældre fra spøgelseszonen, og de bliver genforenet som en familie. Danny og hans venner er i stand til at vende tilbage til deres normale liv, men de er nu opmærksomme på spøgelsernes verden og det ansvar, der følger med.
Serien slutter med, at Danny og hans venner flyver ud i solnedgangen, klar til at møde de udfordringer, der måtte opstå.