* Den menneskelige naturs dobbelthed: Dette er det mest fremtrædende tema. Romanen udforsker den iboende konflikt mellem godt og ondt i hvert enkelt individ. Jekyll repræsenterer den respektable, velmenende side af den menneskelige natur, mens Hyde legemliggør de mørke, primale drifter, der lurer under overfladen.
* Farerne ved at undertrykke sin sande natur: Ved at forsøge at undertrykke sine mørkere impulser, slipper Jekyll dem i sidste ende løs i form af Hyde. Historien antyder, at det kan være ødelæggende at benægte eller undertrykke dele af sig selv.
* Videnskabens magt og dens potentiale for misbrug: Jekylls eksperimenter med transformation til Hyde repræsenterer videnskabens hybris, ideen om, at mennesker kan lege med Gud og pille ved naturen. Historien advarer mod den ukontrollerede jagt på viden og dens potentielt skadelige konsekvenser.
* Konsekvenserne af synd og forløsning: Hydes handlinger repræsenterer konsekvenserne af at hengive sig til onde ønsker. Historien udforsker også muligheden for forløsning, da Jekyll forsøger at sone for sine handlinger og i sidste ende står over for konsekvenserne af sine valg.
* Identitetens natur: Jekylls transformation til Hyde rejser spørgsmål om identitetens natur. Er identiteten fast eller flydende? Kan man virkelig adskille sig fra de mørkere sider af deres personlighed?
* Socialt hykleri og victoriansk moral: Romanen kritiserer det victorianske samfunds stive moralkodeks og det hykleri, der ofte ligger til grund for det. Jekylls transformation til Hyde afslører de mørke understrømme, der eksisterer under overfladen af et tilsyneladende respektabelt samfund.
Dette er blot nogle af de store temaer, der udforskes i "Dr. Jekyll and Mr. Hyde." Romanen fortsætter med at vække genklang hos læserne, fordi den dykker ned i tidløse spørgsmål om menneskets natur, moral og det komplekse forhold mellem godt og ondt.