Under krigen var Yahiko, Nagato og Konan vidner til krigens rædsler og besluttede, at de en dag ville skabe en verden uden krig og smerte. De dannede Akatsuki, en organisation dedikeret til at opnå fred med alle nødvendige midler.
Oprindeligt var Akatsuki en lille organisation, der fokuserede på at hjælpe små landsbyer og lande, der var blevet ramt af krig. Men efterhånden som organisationen voksede i magt og indflydelse, begyndte den at tiltrække sig opmærksomhed fra de større shinobi-landsbyer. Landsbyerne begyndte at se Akatsuki som en trussel, og de begyndte at gribe ind mod organisationen.
Som et resultat af presset fra landsbyerne begyndte Akatsuki at ændre sig. Det blev mere militariseret, og det begyndte at fokusere på at opnå magt frem for at opnå fred. Organisationen begyndte at rekruttere kriminelle i S-rangen, og den blev stadig mere hensynsløs i sine metoder.
Til sidst blev Akatsuki besejret af Naruto Uzumaki og hans venner, og dens medlemmer blev spredt over hele verden. Arven fra Akatsuki fortsætter dog med at leve videre, og den er fortsat et symbol på farerne ved ekstremisme.