Morrisons død skete i Paris, Frankrig, hvor han havde boet sammen med sin partner Pamela Courson. Den 2. juli 1971 blev Morrison fundet bevidstløs i badekarret i sin lejlighed af Courson. Hun ringede efter hjælp, og Morrison blev kørt til hospitalet, hvor han blev erklæret død ved ankomsten.
De nøjagtige omstændigheder, der førte til Morrisons død, er aldrig blevet fuldstændig afklaret. Nogle kilder hævder, at han døde af en overdosis af stoffer, mens andre tyder på, at han kan have lidt af et hjerteanfald eller en kombination af faktorer. Obduktionsrapporten indikerede, at Morrison havde indtaget en stor mængde alkohol og heroin før sin død.
Teorier om Morrisons død fortsætter med at cirkulere den dag i dag, og det er stadig et af de mest vedvarende mysterier i rockmusikhistorien. Morrisons alt for tidlige bortgang i så ung en alder tilføjede hans ikoniske status og gjorde ham til et symbol på de udskejelser og tragedier, der ofte ledsager rock and roll-verdenen.