* Farerne ved at dømme efter udseende: Historien fremhæver, hvor let vi kan blive vildledt af de første indtryk. Læseren mistænker, ligesom politiet, i første omgang den uskyldige Charles McCarthy ud fra hans grove udseende og det faktum, at han skændtes med sin far.
* Vigtigheden af at søge sandhed og retfærdighed: Historien understreger behovet for at se ud over overfladiske domme og dykke ned i sandheden, uanset hvor ubehageligt eller ubelejligt det måtte være. Holmes' metodiske undersøgelse afslører den virkelige synder og viser, at retfærdighed ikke kan opnås gennem antagelser.
* Konsekvenserne af grådighed og egoisme: Historien demonstrerer, hvordan ukontrolleret grådighed og egoisme kan føre til ødelæggende konsekvenser. Mordet, drevet af et ønske om arv, understreger griskhedens ødelæggende kraft.
* Menskelige relationers skrøbelighed: Historien udforsker de komplekse og ofte anstrengte forhold mellem fædre og sønner. Spændingen mellem Charles og hans far, kulminerende i tragedie, viser sårbarheden af familiebånd.
* Vigtigheden af kritisk tænkning og observation: Holmes' succes med at løse mysteriet ligger i hans evne til minutiøst at observere detaljer og analysere beviser. Han opfordrer læseren til at tænke kritisk og ikke acceptere udseende for pålydende.
I sidste ende tjener Boscombe Valley Mysteriet som en påmindelse om, at tilsyneladende kan bedrage, og at sand retfærdighed kræver omhyggelig undersøgelse og en vilje til at stille spørgsmålstegn ved antagelser. Det understreger vigtigheden af at søge sandhed og retfærdighed, selv når det er ubehageligt, og konsekvenserne af at tillade grådighed og egoisme at sløre vores dømmekraft.