Showet udforskede ofte temaer om fordomme, racisme og intolerance, men det behandlede aldrig direkte Holocaust. Dette skyldtes sandsynligvis showets tidsperiode (1959-1964), da Holocaust var et meget nyligt og følsomt emne, som mange mennesker stadig kæmpede med.
Der er dog nogle episoder, der kunne fortolkes som at have tangentielle forbindelser til Holocaust, såsom:
* "Monsterne forfalder på Maple Street" (1960): Denne episode udforsker frygt, paranoia og farerne ved pøbelmentalitet, som er temaer, der resonerer med begivenhederne i Holocaust.
* "The Invaders" (1962): Denne episode indeholder en fremmed invasion, der er målrettet mod mennesker baseret på deres forskelle, som kunne ses som en metafor for forfølgelse og intolerance.
Det er vigtigt at huske, at Twilight Zone var et produkt af sin tid, og det er vanskeligt at bedømme det efter dagens standarder. Imidlertid har dens udforskning af temaer som fordomme og frygt stadig relevans i dag.