1. Flygt fra Miss Hannigan: Annie slipper med succes ud af kløerne på Miss Hannigan, den grusomme direktør for børnehjem, med hjælp fra sine nyfundne venner.
2. Afsløring af Daddy Warbucks' hemmelighed: Annie lærer sandheden om Daddy Warbucks, den velhavende forretningsmand, der bliver hendes værge, da han afslører, at det var ham, der sendte "Daddy"-brevene til børnehjemmet.
3. Adoption: Annie bliver officielt adopteret af Daddy Warbucks i en hjertevarm ceremoni, omgivet af sine venner fra børnehjemmet, og de bliver en kærlig familie.
4. Politisk sejr: Daddy Warbucks bruger sin indflydelse og rigdom til at støtte præsident Franklin D. Roosevelts kampagne for genvalg, hvilket resulterer i en sejr, der booster nationens moral under den store depression.
5. Happily Ever After: Musicalen afsluttes med, at Annie og Daddy Warbucks lever lykkeligt til deres dages ende i deres store palæ sammen med deres nye hundekammerat, Sandy, og de forældreløse børn, der også har fundet hjem.
6. Finale: Slutscenen viser Annie og hendes venner, der udtrykker deres glæde og optimisme med hensyn til fremtiden, mens de synger den opløftende sang, "Tomorrow", mens de går hånd i hånd.