1. Regeringssammensværgelse :Bourne var oprindeligt en højtuddannet CIA-morder kendt som "David Webb." Men efter at en slyngel operation gik galt, led han hukommelsestab og blev en civil mand uden at huske sin fortid. CIA og andre regeringsorganer søger at eliminere ham for at dække over hemmelighederne bag Treadstone-programmet, et hemmeligt sort ops-projekt, der skabte Bourne og andre snigmordere som ham.
2. Blackbriar Blackbriar er en efterfølgerorganisation til Treadstone, dannet af tidligere CIA-embedsmænd. De ønsker at kontrollere Bourne og bruge hans færdigheder til deres egne hemmelige operationer. Bourne bliver dog en trussel mod deres planer på grund af hans uafhængige natur og risikoen for at afsløre deres aktiviteter.
3. Kirill og den russiske regering :I nogle tilfælde kommer Bournes handlinger i konflikt med den russiske regerings interesser, specifikt karakteren Kirill. Kirill er en højtstående russisk efterretningsofficer, der ønsker hævn mod Bourne for tidligere handlinger, der involverede kæres død. Han betragter Bourne som en personlig fjende og søger at eliminere ham.
4. Personlig fjendskab :Da Bourne afslører sandheden om sin fortid og konspirationerne omkring ham, støder han på personer, der udvikler en personlig vendetta mod ham. Disse personer kan være tidligere kolleger eller fjender, der føler sig forrådt eller forurettet af Bournes handlinger, hvilket motiverer dem til at søge hævn.
Det er vigtigt at bemærke, at årsagerne til at ønske at dræbe Bourne varierer afhængigt af de specifikke plotlinjer i Bourne-seriens bøger eller film, og ikke alle disse grunde er muligvis til stede i hver historie.