Hiro Nakamura er en af de få helte, der har formået at forblive på fri fod. Han har brugt sine evner til at rejse i tid til at redde mennesker og forhindre katastrofer, men han er også klar over, at verden stadig står over for en stor trussel.
Sæsonens hovedskurk er en ny karakter ved navn Erica Kravid, lederen af et globalt medieimperium, der i hemmelighed manipulerer begivenheder bag kulisserne. Erica er fast besluttet på at tage kontrol over verdens regeringer og eliminere enhver trussel mod hendes magt, inklusive helte og skurke.
Da Ericas planer begynder at blive til virkelighed, må heltene slå sig sammen en sidste gang for at stoppe hende og redde verden. Den sidste sæson kulminerer i en kamp mellem det gode og det ondes kræfter, hvor heltene i sidste ende sejrer og genopretter freden i verden.