Danforth var involveret i retssagen fra begyndelsen og var til stede ved mange af undersøgelserne og høringerne. Han afhørte ofte de anklagede og pressede dem til at erkende deres skyld. Han spillede også en rolle i domsafsigelsen af den anklagede, og han underskrev mange af dødskendelserne.
Danforths handlinger under retssagerne er blevet meget kritiseret af historikere og juridiske eksperter. Han ses ofte som et symbol på udskejelserne i Salem-hekseprocesserne og farerne ved at lade hysteri og fordomme tilsidesætte fornuft og retfærdighed.