I begyndelsen af 1921 gjorde sømænd og arbejdere i byen Kronstadt oprør mod det bolsjevikiske regime. De krævede større demokrati, frihed og økonomiske reformer. Trotskij blev sendt for at undertrykke oprøret, og han gjorde det med brutal magt. Tusindvis af oprørere blev dræbt, og oprøret blev knust.
Udrensning af Venstreoppositionen
I slutningen af 1920'erne dannede Trotskij og hans støtter Venstreoppositionen, en fraktion inden for det bolsjevikiske parti, der modsatte sig Joseph Stalins politik. Stalin reagerede ved at udrense Venstreoppositionen fra partiet, og mange af dets medlemmer blev arresteret, forvist eller henrettet. Trotskij blev selv forvist fra Sovjetunionen i 1929.
Myrdet på Sergei Kirov
I 1934 blev Sergej Kirov, en fremtrædende bolsjevikleder og en nær allieret af Stalin, myrdet. Stalin gav Trotskij skylden for mordet og brugte det som et påskud til at iværksætte den store udrensning, en bølge af undertrykkelse, hvor millioner af mennesker blev arresteret, fængslet eller henrettet.
Påstået samarbejde med Nazityskland
Under Anden Verdenskrig levede Trotskij i eksil i Mexico. Stalin anklagede ham for at samarbejde med Nazityskland, og han blev til sidst myrdet af en sovjetisk agent i 1940. Der er ingen beviser, der understøtter påstanden om, at Trotskij samarbejdede med nazisterne, og det menes generelt, at Stalin fik ham dræbt, fordi han frygtede hans indflydelse og popularitet.