2. Økonomiske vanskeligheder: Puritanerne var ikke velhavende mennesker, og de kæmpede ofte for at tjene til livets ophold i New England. Jorden var svær at dyrke, og klimaet var barskt.
3. Sygdom: Puritanerne var også plaget af sygdom. Kopper, mæslinger og andre infektionssygdomme var almindelige, og de viste sig ofte dødelige.
4. Indianerangreb: Puritanerne var også konstant i krig med de indfødte amerikanere. De indfødte amerikanere ærgrede sig over puritanernes indgreb i deres land, og de angreb ofte puritanske bosættelser.
5. Hekseri: Puritanerne troede også på hekseri, og de beskyldte ofte uskyldige mennesker for at være hekse. Dette førte til Salem-hekseprocesserne, hvor 20 mennesker blev henrettet.
6. Intern konflikt: Puritanerne var ikke en monolitisk gruppe, og de var ofte uenige med hinanden. Dette førte til konflikter inden for det puritanske samfund, som nogle gange resulterede i vold.