Showets hovedpersoner, Zack og Cody Martin, er tvillingebrødre, der er kendt for deres drilske opførsel og ignorering af autoriteter. Men efterhånden som serien skrider frem, begynder de at udvikle en større følelse af respekt og respekt over for deres jævnaldrende, lærere og forældre.
Et eksempel på respekt i showet er Zack og Codys forhold til deres skibs kaptajn, Mr. Moseby. I første omgang adlyder Zack og Cody konstant hr. Mosebys regler og får problemer. Men efterhånden som serien skrider frem, begynder de at indse, at hr. Moseby ikke kun er en streng disciplinær, men også en omsorgsfuld og ansvarlig voksen, der tager sig af deres bedste interesser. Som et resultat begynder Zack og Cody at vise mere respekt og ærbødighed over for Mr. Moseby, og de bliver til sidst nære venner.
Et andet eksempel på respekt i showet er Codys forhold til sin ældre bror, Zack. Zack er ofte den mere dominerende og udadvendte tvilling, mens Cody er mere genert og reserveret. Men efterhånden som serien skrider frem, begynder Cody at udvikle en stærkere følelse af selvtillid og selvsikkerhed. Han begynder at stå op for sig selv og udtrykke sine meninger, selvom de adskiller sig fra Zacks. Som et resultat begynder Zack at vise mere respekt og ærbødighed over for Cody, og de bliver til sidst tættere brødre.
Overordnet set er ærbødighedstemaet et vigtigt tema i The Suite Life of Zack &Cody on Deck. Det viser, hvordan karaktererne lærer at respektere og værdsætte hinanden, og hvordan det fører til stærkere relationer og et mere harmonisk livsmiljø.