Efter begivenhederne i den originale anime-serie bliver Mustang transporteret til en alternativ virkelighed, hvor han nu er militærofficer i Tyskland. Han er hjemsøgt af minderne om sin tid i Amestris og savner især Hawkeye.
Filmen viser Mustang, der kæmper med sit nye liv og længes efter sine gamle venner, især Hawkeye. Til sidst finder han ud af, at Hawkeye også er blevet transporteret til denne alternative virkelighed og leder efter ham. Han genforenes med Hawkeye nær slutningen af filmen, og de deler endelig et øjebliks fred efter alt, hvad de har været igennem.