Fagotten er et dobbeltrørs-træblæserinstrument, mens fløjten er et træblæseinstrument, der spilles ved at blæse luft hen over et hul. Den embouchure (læbeplacering) og luftstrømmen, der kræves for at spille fagot, er helt anderledes end dem, der kræves for at spille fløjte, så det bliver ikke nemmere at lære at spille fagot for en, der allerede har lært at spille fløjte. Faktisk kan det endda være sværere, da fagotten generelt anses for at være et mere udfordrende instrument at lære end fløjten.