Mozart og Schikaneder arbejdede tæt sammen om operaens tilblivelse. De opfattede i første omgang værket som en eventyropera, men med tiden udviklede det sig til et mere seriøst og komplekst værk, der udforskede temaer om kærlighed, venskab og søgen efter visdom og oplysning.
Mozarts musik til Tryllefløjten er kendetegnet ved dens skønhed, variation og følelsesmæssige dybde. Operaen indeholder en bred vifte af musiknumre, herunder arier, duetter, ensembler og omkvæd, såvel som instrumentale passager, der forstærker historiens drama.
Tryllefløjtens succes sikrede Mozarts ry som en af de største operakomponister. Den bliver ved med at blive opført regelmæssigt rundt om i verden og betragtes som et af operalitteraturens mesterværker.