1. Forsøg på at rekruttere Tamino: Nattens Dronning dukker op i begyndelsen af operaen og søger hjælp hos den unge prins Tamino. Hun giver ham et magisk portræt af sin datter Pamina og beder ham om at redde hende fra Sarastro, ypperstepræsten i Visdomstemplets kløer.
2. Skænker magiske genstande: Nattens Dronning udstyrer Tamino med en tryllefløjte og Papageno, fuglefangeren, med et magisk klokkespil. Disse magiske instrumenter er afgørende for at hjælpe dem to med at overvinde forhindringer og fortrylle dem, de møder på deres rejse.
3. Plotter mod Sarastro: Nattens Dronning nærer dyb vrede mod Sarastro, som hun mener har bortført Pamina og holder hende tilbage mod hendes vilje. Hun forsøger at manipulere og bedrage Tamino og Papageno til at arbejde mod Sarastro og hans tilhængere.
4. Indstiller prøveversioner for Tamino: Tamino og Papageno gennemgår adskillige prøvelser og udfordringer fremsat af Sarastro. Nattens Dronning forsøger at gribe ind og påvirke disse prøvelser ved at bruge sin magi og list til at forhindre deres succes.
5. Konfrontation med Sarastro: I klimascenen konfronterer Nattens Dronning Sarastro i sit tempel og anklager ham for forræderi og kræver løsladelse af Pamina. Sarastro afslører den sande natur af hans hensigter, som er ædle og kloge snarere end ondsindede.
6. Nederlag og forvisning: Nattens Dronning bliver i sidste ende besejret af Sarastro og hans styrker. Hun er forvist fra lysets rige, og hendes magt er formindsket. Hendes datter Pamina genforenes med Tamino, og de triumferer over mørkets kræfter.