Hullerne på en klarinet kaldes tonehuller. Når et tonehul åbnes, tillader det noget af luften at slippe ud af luftsøjlen, hvilket forkorter søjlen og hæver tonehøjden af lyden. Når et tonehul er lukket, blokerer det for udslip af luft fra luftsøjlen, hvilket forlænger søjlen og sænker tonehøjden af lyden.
Den specifikke tonehøjde for hver tone bestemmes af længden af luftsøjlen og spændingen af røret. Spændingen af røret styres af spillerens embouchure, eller måden de holder munden på og blæser ind i mundstykket.