Petrucci har brugt Ernie Ball Music Man-guitarer siden begyndelsen af 1990'erne, og hans signaturmodeller er blandt de mest populære guitarer i verden. Hans signaturmodeller inkluderer John Petrucci Majesty, John Petrucci BFR og John Petrucci JPX.
Ibanez
Petrucci brugte også Ibanez-guitarer i 1980'erne og begyndelsen af 1990'erne. Hans mest berømte Ibanez-guitar er Ibanez RG550, som han brugte på Dream Theaters to første album.
Fender Stratocaster
Petrucci har også brugt Fender Stratocaster-guitarer til tider, især til rene og bluesagtige toner.