Mikroskopiens fader er Anton van Leeuwenhoek, en hollandsk handelsmand og videnskabsmand, der er bedst kendt for sit banebrydende arbejde inden for mikroskopi og sine opdagelser af mikroorganismer. Han var den første til at observere og beskrive bakterier, protozoer, spermatozoer og andre mikroskopiske organismer. Leeuwenhoek lavede sine egne mikroskoper ved at slibe og polere små glaskugler, som han brugte til at opnå forstørrelser på op til 270 gange. Han lavede detaljerede tegninger og beskrivelser af sine observationer, som han offentliggjorde i en række breve til Royal Society of London. Hans arbejde lagde grundlaget for området mikrobiologi og havde en dyb indvirkning på vores forståelse af den naturlige verden.