Det officielle flag for St Charles County er rødbrun og hvid og har en fremtrædende hvid cirkel med et rødbrun kors sat mod det. Den rødbrune farve repræsenterer styrke, iver og inderlighed. Den hvide farve symboliserer renhed, sandhed og tro. Det fremtrædende hvide kors er symbolsk for amtets arv og indflydelsen fra den katolske kirke i området siden de tidligste franske bosættelser.