Den spanske Armada var en massiv flåde af skibe, der blev sendt af kong Filip II af Spanien for at invadere England i 1588. Drake var en af cheferne for den engelske flåde, der besejrede Armadaen.
2. Den portugisiske flåde
Den portugisiske flåde var en anden stor trussel mod Drakes ekspeditioner. Portugal var en mægtig sømagt på det tidspunkt, og dens flåde var veludstyret og veltrænet. Drake havde flere møder med den portugisiske flåde, og han var ofte i undertal og overskud.
3. De indfødte amerikanere
Drake måtte også kæmpe med de indfødte amerikanere, der boede i de områder, han udforskede. De indfødte amerikanere var ofte fjendtlige over for englænderne, og de angreb nogle gange Drakes skibe.
4. Vejret
Drake måtte også forholde sig til vejret. Havet omkring Sydamerika kan være meget barskt, og Drakes skibe blev ofte fanget i storme.
5. Sygdom
Sygdom var en konstant trussel mod Drake og hans besætning. Mange af de sygdomme, der var almindelige i troperne, var dødelige, og Drake mistede mange mænd til sygdomme.
6. Mytteriet
I 1578 gjorde Drakes besætning mytteri mod ham. Mytteriet blev ledet af Thomas Doughty, som var Drakes næstkommanderende. Doughty blev til sidst henrettet, og mytteriet blev slået ned.
På trods af alle disse forhindringer var Drake i stand til at fuldføre sin jordomsejling. Han var en dygtig navigatør og en dristig opdagelsesrejsende, og han regnes for at være en af de største søfarende i historien.