* Natur og økologi: Hundertwasser troede dybt på sammenhængen mellem mennesker og natur. Hans kunst skildrede ofte frodige landskaber, træer og dyr, der fejrede naturens skønhed og skrøbelighed.
* Arkitektur: Han så arkitektur som en form for kunst og troede på at skabe bygninger, der smeltede sømløst sammen med naturen, med kurvede linjer, organiske former og masser af grønt. Hans malerier indeholdt ofte fantastiske, biomorfe bygninger, hvilket fremhævede hans vision for bæredygtige og harmoniske bymiljøer.
* Spiraler og cirkler: Disse tilbagevendende motiver symboliserer organisk vækst, livscyklusser og sammenhængen mellem alle ting. Han brugte dem til at skabe en følelse af bevægelse og energi i sit kunstværk.
* Farve og tekstur: Hundertwasser elskede at bruge lyse, levende farver og kontrasterende teksturer til at skabe visuelt stimulerende og engagerende kompositioner. Han brugte ofte dristige streger og hvirvlende mønstre for at formidle en følelse af bevægelse og liv.
* Anti-geometri og anti-rationalitet: Han afviste traditionelle, stive geometriske former og omfavnede skønheden ved uregelmæssighed og spontanitet, hvilket afspejlede hans tro på, at kunst skulle være et personligt og intuitivt udtryk.
Ud over disse temaer inkorporerede Hundertwasser også elementer af filosofi, spiritualitet og sociale kommentarer ind i sit arbejde, hvor han ofte behandler emner som miljøisme, fred og social retfærdighed.