2. Stationær fase :Ved gelelektroforese er den stationære fase en gel (agarose eller polyacrylamid), mens den stationære fase ved papirkromatografi er et ark absorberende papir.
3. Adskillelse af stoffer :Forskellen i bevægelseshastigheder gennem de stationære faser adskiller stoffer i begge teknikker.
4. Visualisering :Efter adskillelsen visualiseres stoffer ved hjælp af passende farvning eller påvisningsmetoder.