Indien Opals interne konflikt er hendes kamp for at komme overens med sin mors død og finde sin plads i verden. Hun beskæftiger sig også med teenageårenes udfordringer, såsom pubertet og gruppepres.
Indien Opals eksterne konflikt er hendes forhold til sin far. Han er en venlig og kærlig mand, men han har også meget travlt med sit arbejde som prædikant. India Opal føler, at hun ikke får nok opmærksomhed fra ham, og hun ærgrer sig over hans strenge regler.
Romanen følger India Opal, mens hun forsøger at løse sine konflikter. Hun bliver venner med nogle af byens indbyggere, inklusive en bibliotekar, en butiksejer og en mystisk gammel mand. Hun møder også en herreløs hund, som hun kalder Winn-Dixie. Winn-Dixie bliver India Opals bedste ven, og han hjælper hende med at overvinde sin ensomhed og lære om sig selv.
På grund af Winn-Dixie er en hjertevarm historie om venskab, familie og selvopdagelse. Det er en roman, der vil appellere til læsere i alle aldre.