* Thomas og hans venner, Minho, Newt og Teresa, undslipper endelig den frygtede labyrint.
* De lærer sandheden om deres sande formål:at tjene som forsøgspersoner i et grusomt eksperiment udført af WCKD, organisationen der skabte og kontrollerede labyrinten.
* Teresa afslører sin troskab til WCKD, hvilket efterlader Thomas sønderknust og stiller spørgsmålstegn ved, hvem han kan stole på.
* Gruppen, nu flygtninge, begiver sig ud på en farlig rejse gennem Scorch, en øde og forræderisk ødemark, på jagt efter den mytiske Safe Haven, et sted, hvor de kan være fri af WCKD's kløer.
* Undervejs står de over for adskillige udfordringer, inklusive hensynsløse Cranks, voldsomme storme og den altid tilstedeværende trussel fra skaberne.
* I sidste ende når de Safe Haven, kun for at opdage, at det ikke er, hvad de havde håbet på. Det er et midlertidigt tilflugtssted, kontrolleret af en anden fraktion, der også søger at udnytte dem til deres egne formål.
* Thomas, Minho og Newt lærer sandheden om Flare, den dødelige sygdom, der hærgede verden. De indser, at de har nøglen til at finde en kur, takket være deres unikke immuniteter.
* Med nyfunden beslutsomhed beslutter de sig for at konfrontere WCKD og afslutte deres terrorregime én gang for alle. De begiver sig ud på en sidste mission, hvor de infiltrerer WCKD's hovedkvarter for at afsløre organisationens hemmeligheder og befri dem, der er blevet fængslet og eksperimenteret med.
* I en klimatisk kamp overvinder Thomas og hans venner adskillige forhindringer, står over for deres dybeste frygt og ofrer alt til gavn for menneskeheden.
* I sidste ende lykkes de med deres mission, at nedbringe WCKD og sikre en fremtid, hvor folk kan leve frit fra kløerne af manipulation og undertrykkelse.