Filmens historie fokuserer på opdagelsen af Arken, et skjult rumskib, der indeholder et kraftfuldt våben, og den efterfølgende kamp mod Decepticons. De menneskelige karakterer er for det meste fokuseret på Sam Witwicky (Shia LaBeouf) og hans nye kæreste, Carly Spencer (Rosie Huntington-Whiteley).
Mens den officielle årsag til Megan Fox' fravær ikke blev offentliggjort offentligt, er det en udbredt opfattelse, at hendes afgang skyldtes kreative forskelle med instruktør Michael Bay. Der var angiveligt spændinger mellem Fox og Bay under produktionen af Transformers:Revenge of the Fallen (2009).
På trods af hendes fravær bliver Mikaelas skæbne ikke eksplicit behandlet i filmen. Det antydes, at hun og Sam er gået fra hinanden.