Slutningen efterlades bevidst tvetydig, hvilket giver mulighed for forskellige fortolkninger. Her er hvad vi ved:
* Pan er såret: Under den sidste konfrontation bliver Pan skudt af den fascistiske kaptajn. Han kollapser og ser ud til at være dødeligt såret.
* Ofelias rejse: Ofelia har gennem sin rejse i labyrinten fortjent sin passage til underverdenen. Dette tyder på, at hun måske slutter sig til Pan i efterlivet.
* Slutscenen: Da Ofelia går gennem portalen ind i underverdenen, ses Pan ikke. Dette fører til muligheden for, at han er død eller simpelthen ikke vises.
Fortolkninger:
* Pans død: Nogle seere mener, at Pan døde af sine sår, og Ofelia slutter sig til ham i underverdenen.
* Pans overlevelse: Andre hævder, at Pan måske har overlevet og venter på Ofelia i underverdenen, eller at han simpelthen er et væsen af labyrinten, og hans fysiske form er ikke så vigtig.
* Symbolisk betydning: Tvetydigheden i Pans skæbne er sandsynligvis bevidst, og repræsenterer fantasiens kraft og sløringen af virkelighed og fantasi.
I sidste ende er meningen med slutningen op til seeren at bestemme. Filmen efterlader et stærkt spørgsmål ubesvaret:døde Pan, eller levede han videre i drømmenes og fantasiens rige?