I spillet vælger du din start-Pokémon fra et udvalg af tre:
* Chimchar (ild)
* Turtwig (græs)
* Piplup (vand)
Spillet tillader dig ikke at vælge andre Pokémon, inklusive Totodile, som din startpartner.
Der er dog måder at møde og interagere med Totodile på i spillet:
* Rekruttering: Du kan støde på Totodile under dine eventyr og potentielt rekruttere den til dit hold, ligesom enhver anden Pokémon.
* Handel: Du kan bytte Pokémon med andre spillere online eller via lokal trådløs forbindelse, hvilket måske giver dig mulighed for at få en Totodile.
* Særlige begivenheder: Der kan være begivenheder i begrænset tid eller indhold, der kan downloades, der introducerer nye Pokémon, inklusive Totodile.
For at spille som Totodile skal du kigge efter andre Pokémon Mystery Dungeon-spil eller fan-lavet indhold.