Houdinis vandflugter var særligt imponerende, fordi han var i stand til at holde vejret i lange perioder. I en af sine mest berømte flugter blev Houdini låst inde i en mælkedåse, der derefter blev fyldt med vand. Han var i stand til at flygte fra dåsen på mindre end tre minutter.
Houdinis evne til at flygte fra vand skyldtes en kombination af faktorer. For det første havde han et meget stærkt åndedrætssystem. Han var i stand til at holde vejret i lange perioder ved at sænke pulsen og vejrtrækningen. For det andet var Houdini meget fleksibel. Han var i stand til at forvride sin krop ind i små rum og glide gennem smalle åbninger. For det tredje var Houdini meget intelligent. Han var i stand til at finde ud af, hvordan man plukker låse og flygtede fra begrænsninger.
Houdinis vandflugter var et bevis på hans fysiske styrke, mentale smidighed og mod. Han var en sand mester i flugtkunstneri.