Når et vidunderkort bruges, åbner det en særlig menu, hvor spillere kan vælge den begivenhed eller mysteriegave, de ønsker at få adgang til. Begivenheder kan omfatte specielle Pokémon-uddelinger eller udfordringer, mens Mystery Gifts kan omfatte genstande, Pokémon eller andre belønninger.
For at bruge et Wonder Card skal spillere sikre sig, at deres Nintendo DS er forbundet til internettet eller har etableret en lokal trådløs forbindelse. Når de er tilsluttet, kan de vælge Wonder Card fra deres inventar og aktivere det for at få adgang til den tilknyttede begivenhed eller Mystery Gift.
Det er værd at bemærke, at Wonder Cards kun var tilgængelige i en bestemt periode og til bestemte begivenheder eller distributioner. Nogle Wonder Cards kan være udløbet eller måske ikke længere tilgængelige, så det er altid en god idé at tjekke begivenhedsdetaljerne og tilgængeligheden, før du forsøger at bruge et specifikt Wonder Card.