Selvom det teknisk set er en del af det samme fiktive univers, er begivenhederne i Prometheus stort set adskilte og uden forbindelse til de vigtigste Alien- og Predator-historielinjer.
Her er hvorfor:
* Anden tidslinje: Prometheus finder sted tusinder af år før begivenhederne i Alien, og dens fokus er på oprindelsen af Xenomorphs og ingeniørerne, ikke begivenhederne i den oprindelige Alien-franchise.
* Diskontinuitet: Begivenhederne i Prometheus er ikke refereret eller anerkendt i Alien-filmene, der kom efter det.
* Modsigelser: Prometheus introducerede koncepter og forklaringer, der modsiger den etablerede lore fra Alien-franchisen, hvilket skaber en forvirrende og inkonsekvent fortælling.
Det er dog værd at bemærke, at:
* En forbindelse er bekræftet: Filmen deler nogle fælles elementer med Alien-franchisen, såsom tilstedeværelsen af Space Jockey, det ikoniske alien-design og de overordnede temaer om udforskning og fare.
* Instruktørens hensigt: Instruktør Ridley Scott havde til hensigt, at Prometheus skulle være en prequel til Alien, men i sidste ende er filmens forbindelse til hovedserien løs og åben for fortolkning.
Overordnet set, mens Prometheus er sat i det samme univers som Alien og Predator, betragtes det ikke som kanon i forhold til hovedhistorien. Det er bedre at se den som en separat film, der deler nogle tematiske og visuelle elementer med franchisen, men i sidste ende tilbyder et andet perspektiv på Alien-mytosen.