Hun forlader gruppen i slutningen af Johto-sagaen (omkring slutningen af Pokemon Gold and Silver-anime) og dukker ikke op igen før begyndelsen af Sinnoh-sagaen (omkring begyndelsen af Pokemon Diamond and Pearl-anime).
Selvom der er nogle få tilfælde af, at Misty optræder i Hoenn-animeen i flashbacks eller omtaler, besøger hun aldrig fysisk regionen i hovedhistorien.