1. Konflikten med den ydre verden: Santiago står over for forskellige ydre forhindringer under hele sin rejse. Disse omfatter:
* Ørkenens farer: Han støder på tyve, hårdt vejr og den konstante trussel om dehydrering og sult.
* De kulturelle forskelle og fordomme: Han møder mistænksomhed og mistillid fra mennesker med forskellige kulturer og baggrunde, især i ørkenen.
* Udfordringen med at overvinde sin egen frygt og usikkerhed: Dette inkluderer hans frygt for at miste alt, hans tvivl om sine egne evner og presset fra samfundets forventninger.
2. Konflikten med sit indre: Santiago oplever en betydelig intern kamp gennem hele sin rejse, hvor han kæmper med:
* Hans tvivl og frygt: Han sætter spørgsmålstegn ved sine egne evner og gyldigheden af sin drøm og giver ofte efter for frygt og udsættelse.
* Fristelsen af komfort og sikkerhed: Han er fristet til at opgive sin rejse og vende tilbage til sit velkendte liv og ofre sin drøm for en behagelig tilværelse.
* Kampen for at bevare sin tro: Santiago skal konstant minde sig selv om sin tro på den personlige legende og overvinde den skepsis og negativitet, der opstår fra hans egen indre stemme og verden omkring ham.
Disse konflikter, både ydre og indre, fletter sig ind i hinanden og bidrager til bogens overordnede tema, som er vigtigheden af at følge sine drømme og omfavne selvopdagelsesrejsen.