Esperanza, en indvandrerpige fra Mexico, bor med sin familie i et nedslidt lejlighedskompleks i Chicago. Hun føler sig marginaliseret og anderledes end de amerikanske børn, der gør grin med hende for at være mexicansk og for ikke at tale engelsk godt.
Mens Esperanza vandrer i kvarteret, opdager Esperanza en ledig grund med fire tynde træer. Hun identificerer sig med disse træer, da hun føler sig lige så lille og ubetydelig i sine nye omgivelser. Hun beslutter sig for at "adoptere" træerne som sine egne og begynder at besøge dem regelmæssigt.
Esperanza deler sine hemmeligheder og drømme med træerne. Da hun hører om fejringen af de dødes dag fra sine forældre, skaber hun et alter for de fire tynde træer. Hun placerer stearinlys, morgenfruer og slik på alteret i håb om, at de døde træer kommer til live igen.
Da Esperanza begynder at få venner og tilpasse sig sit nye liv i USA, fortsætter hun med at besøge de fire tynde træer. Træerne, der repræsenterer hendes indre modstandskraft, tjener som en kilde til styrke og trøst for hende under hendes rejse med selvopdagelse og assimilering.
Esperanza flytter til sidst væk fra lejlighedskomplekset og mister de fire tynde træer af syne. Men hun tager erfaringerne fra sin forbindelse med dem og bærer dem med sig, når hun står over for nye udfordringer og muligheder i livet.
"Four Skinny Trees" udforsker temaer om identitet, tilhørsforhold, kulturel assimilering og søgen efter et sted at kalde hjem. Den portrætterer oplevelser og følelser hos en ung indvandrerpige, der forsøger at navigere i to kulturer og finde sin egen stemme i et nyt miljø.