Før hun kom ind i det offentlige liv, arbejdede Wagner som engelsk- og matematiklærer og drev sin egen succesfulde forlagsvirksomhed. Hun begyndte sin politiske karriere i Staten Island Community School Board, som hun var formand for. Hun fortsatte med at tjene i New York City Board of Education og var dets vicepræsident fra 1978 til 1979.
I 1981 blev Wagner valgt til New York City Board of Estimate som repræsentant for Staten Island. Hun var den eneste kvinde i bestyrelsen og sad indtil den blev afskaffet i 1989. I sin tid i bestyrelsen var hun en stærk fortaler for Staten Island og var medvirkende til at sikre finansiering til mange vigtige projekter, herunder Staten Island færgeterminal , Staten Island Expressway og College of Staten Island.
I 1991 blev Wagner valgt som præsident for New York City Council. Hun var den første kvinde, der havde denne stilling. Under sin embedsperiode som præsident var hun en stærk fortaler for uddannelse og arbejdede for at øge finansieringen til offentlige skoler. Hun støttede også initiativer til at forbedre byens økonomi og infrastruktur.
Efter sin tid i det offentlige liv fortsatte Wagner med at være aktiv i samfundet. Hun tjente i bestyrelserne for adskillige nonprofitorganisationer og var en vokal fortaler for kvinders rettigheder. Hun arbejdede også som konsulent og offentlig foredragsholder.
Wagner døde af komplikationer fra hjerteoperationer den 15. december 2011 på Staten Island University Hospital i Ocean Breeze, Staten Island, New York City, i en alder af 78, en dag før hendes 79-års fødselsdag. Hun blev efterladt af sin mand, Robert, sine fire børn og sine ti børnebørn.
Wagner var banebrydende for kvinder i politik, og hendes bidrag til Staten Island og New York City var betydelige. Hun var en stærk fortaler for sit samfund, og hendes arbejde var med til at forbedre livet for mange mennesker.