På sin rejse bliver Despereaux venner med en klog rotte ved navn Chiaroscuro, en menneskelig tjener ved navn Miggery Sow og en blind pige ved navn Antonia. Chiaroscuro hjælper Despereaux med at forstå hans sande formål og opmuntrer ham til at være modig. Miggery Sow hjælper Despereaux med at navigere i den menneskelige verden og giver ham værdifulde råd. Antonia, som har en stærk forbindelse til dyr, bliver en nær ven af Despereaux og støtter ham i hans søgen.
Sammen begiver Despereaux, Chiaroscuro, Miggery og Antonia ud på et farligt eventyr for at redde prinsessen og bringe fred mellem mus og rotter. Undervejs møder de mange udfordringer og forhindringer, men deres beslutsomhed og loyalitet hjælper dem med at overvinde enhver modgang.
"Fortællingen om Despereaux" er en hjertevarm og inspirerende historie om venskab, tapperhed og accept af sin sande identitet. Det understreger vigtigheden af at være anderledes, da det ofte er vores unikke egenskaber, der gør os specielle og i stand til store ting.