Krigen begynder, da Portgas D. Ace, anden divisionskommandant for Whitebeard Pirates og den biologiske søn af Gol D. Roger, den tidligere piratkonge, bliver taget til fange af marinesoldaterne og er planlagt til henrettelse. Aces bror, Monkey D. Luffy, hovedpersonen i serien, og hans besætning, Straw Hat Pirates, forsøger at redde Ace, hvilket fører til et sammenstød med marinesoldaterne.
Efterhånden som kampen eskalerer, bliver mere magtfulde individer og grupper involveret, inklusive de tre marinesoldaters admiraler, havets syv krigsherrer og endda tidligere fjender af Whitebeard Pirates, der vælger at kæmpe sammen med dem. Slaget er præget af intense kampe, forræderi og personlige ofre, da begge sider lider store tab.
Paramount-krigen har flere væsentlige konsekvenser for One Piece-verdenen. Det ændrer magtbalancen mellem marinesoldaterne og piratbesætningerne, hvilket fører til en ny æra med pirateri. Den afslører også vigtige oplysninger om One Piece-universets historie og hemmeligheder, inklusive Djævelfrugternes sande natur og eksistensen af de gamle våben.
Overordnet set er Paramount War en afgørende begivenhed i One Piece-historien, der former fremtiden for serien og har varige konsekvenser for karaktererne og den verden, de bebor.